Akademi Al Baghdadi ditubuhkan sebagai sebuah platform pengajian ilmu-ilmu Al Quran yang menawarkan program-program persijilan kepada guru-guru Al Quran rangkaian Al Baghdadi dan orang awam.

Bertujuan untuk memenuhi keperluan kepada tenaga pengajar Al Quran yang profesional, Akademi Al Baghdadi telah ditubuhkan pada Mei 2012 dengan membangunkan modul pertamanya iaitu Sijil Asas Perguruan Al Quran (SAPQ) yang disusun sepenuhnya oleh Fakulti Pengajian Quran & Sunnah, Universiti Sains Islam Malaysia (USIM). Terdapat dua program utama dibawah pengendalian Akademi Al Baghdadi iaitu program jangka pendek (pelatihan umum) dan program jangka panjang (pelatihan guru)

Bermula Januari 2023, Akademi Al Baghdadi merupakan Unit Latihan Profesional dibawah Al Baghdadi Group Sdn. Bhd. dan bukan lagi sebuah entiti syarikat yang berasingan.